Dés le début de la guerre, et apres la conquête de la Hollande, de la Belgique et de la France à l'été 1940, les Allemands ont eu une occasion en or de rapprocher leurs bases navales de la Grande-Bretagne.
Dès 1941 l'éventualité d'un débarquement des Alliés sur les cotes de la Manche est évoquée et cela devient l'une des préoccupations majeures de l'Etat-Major allemand. En attendant des bases pour leurs engins d'attaque rapides (torpilleurs Schnellboot, E-boat en anglais, E pour ennemi) furent établies dans les ports de Cherbourg, Boulogne, Ostende, IJmuiden, Le Havre, Dunkerque, Den Helder, L'Aber Wrac'h, Lézardrieux et Rotterdam.En octobre 1940, le Hafenschutzflottlle Kanalküste a été formé à Boulogne et subordonné au Marinebefehshaber Kanalküste. Il a été formé pour s'entrainer dans les ports de Zeebrugge, Ostende, Nieuwpoort, Dunkerque, Gravelines, Calais, Boulogne et Saint-Valery-sur-Somme. Il était commandé par Korvettenkapitän Ernst Graeff . En février 1941, après la fin de la formation, l'unité a été divisée en 3 flottilles avec des sièges à Ostende, Calais et Boulogne, subordonnées aux Seekommandanten et Hafenkommandanten concernés .

Mais si les cotes de la Grande Bretagne étaient très proche pour des raids martimes et des bombardements ces nouvelles bases se trouvaient aussi exposées aux raids aériens de la Royal Air Force
Aussi il fut décidé de protéger ces installation par des bunkers
Les installations de Boulogne furent conçues pour recevoir 12 S-boot et, derrière ce bunker, il y avait un bunker à munitions pour le stockage des torpilles.
Celui ci avait des rampes d'accès à la voie ferrée par les deux côtés et une petite piste le reliant au bunker principal.
Le toit avait une épaisseur de 2 mètres ce qui, au début de la guerre, était suffisant pour protéger les bateaux contre la plupart des bombes britanniques. Mais pa la suite il fut obsolète car les bombes devenaient plus puissantes .Ainsi le 8 juin 1944, la RAF largua pour la première fois sa bombe "Tallboy" de 5 500 kg et une semaine plus tard, ce fut au tour du bunker de Boulogne de recevoir le même traitement avec un raid de 300 bombardiers larguant 10 bombes Tallboys
Cela rendit le port inutilisable et les Allemands déplacèrent rapidement les bateaux non endommagés à la base d'IJmuiden.

4. Hafenschutzflottille Boulogne
Cette unité a été formée en février 1941 à partir du Hafenschutzgruppe Boulogne (qui était une sous-unité du Hafenschutzflottille Kanalküste (voir ci-dessus). Elle était d'abord subordonnée au Seeekommandant Boulogne puis au Hafenkommandant Boulogne.
Ses commandants étaient :
Kapitänleutnant Hermann Wege 2.41 - 5.41
Korvettenkapitän Ernst Graeff 5,41 - 6,41
Korvettenkapitän Hermann Wege 6.41 - 9.44
L'unité était composée de 34 vedettes codés FBo 01 - FBo 34 , dont 3 KFK.
L'unité est dissoute en septembre 1944.