Mais avec la Révolution, le couvent fut démembré et vendu comme bien national en 1791. Aussi, quelques années plus tard, ses fils Louis – futur roi de Hollande – et Joseph – prochain roi de Naples et de Sicile, puis d’Espagne -, très inquiets des risques d’effondrement encourus par cette église endommagée par le temps, décidèrent, contre l’avis de leur frère Napoléon – alors premier consul de la République – de faire exhumer puis transférer en 1803 le corps du défunt dans le parc du château de Mortefontaine, propriété de Joseph. Louis prétexta une cure thermale à Balaruc-les-Bains et put ainsi se rendre facilement à Montpellier pour diriger en secret les opérations.
Cette même année 1803, l’église du couvent était achetée par le consistoire protestant et devenait, jusqu’en 1870, le temple de la communauté réformée de Montpellier.
Les travaux de rénovation du « Rockstore », qui s’est installé dans ces murs en 1986, viennent de révéler la présence de très nombreux caveaux individuels sous toute la nef, ainsi que d’une chapelle funéraire enterrée. Faute de pouvoir être fouillés, ces vestiges ont été protégés, pour une étude exhaustive qui aura peut-être lieu dans 30 ou 50 ans…
